Στο Αρχαιολογικό Μουσείο του Μαραθώνα παρουσιάζεται η ιστορία της περιοχής, από τους προϊστορικούς χρόνους μέχρι τη ρωμαϊκή περίοδο μέσα από τα ευρήματα των ανασκαφών της ευρύτερης περιοχής του Μαραθώνα. 
Δίπλα από το Αρχαιολογικό Μουσείο του Μαραθώνα, βρίσκεται το νεκροταφείο των τύμβων της Μέσης Εποχής του Χαλκού. Στο εσωτερικό ενός "προστατευτικού κελύφους" βρίσκονται τρείς τύμβοι (2 μεγάλοι και 1 μικρότερος), ανεσκαμμένοι από τον αρχαιολόγο Σπυρίδωνα Μαρινάτο.
Πρόκειται για ένα εξαιρετικό Μουσείο που χωρίζεται στις εξής θεματικές ενότητες
Αίθουσα Ι – Το σπήλαιο του Πανός στην Οινόη
Αίθουσα ΙΙ – Οι προϊστορικοί χρόνοι
Αίθουσα ΙΙΙ – Οι ιστορικοί χρόνοι
Αίθουσα ΙV – Ο Ηρώδης ο Αττικός και η εποχή του
Αίθουσα V – Το Ιερό Αιγυπτίων θεών στο Μικρό Έλος ή Μπρεξίζα Μαραθώνα
Παλαιό Αίθριο – Αίθουσα Τροπαίου
Αίθουσα ΙΙ – Οι προϊστορικοί χρόνοι
Αίθουσα ΙΙΙ – Οι ιστορικοί χρόνοι
Αίθουσα ΙV – Ο Ηρώδης ο Αττικός και η εποχή του
Αίθουσα V – Το Ιερό Αιγυπτίων θεών στο Μικρό Έλος ή Μπρεξίζα Μαραθώνα
Παλαιό Αίθριο – Αίθουσα Τροπαίου
Στην αίθουσα του τροπαίου δεσπόζει τμήμα του τροπαίου που έστησαν οι Αθηναίοι σε ανάμνηση της νίκης τους κατά των Περσών στην περίφημη μάχη του Μαραθώνα (490 π.Χ.). Επρόκειτο για μαρμάρινο αρράβδωτο κίονα, ύψους περίπου 10μ., με ιωνικό κιονόκρανο, τον οποίο έστεφε στην αρχαιότητα άγαλμα της θεάς Νίκης. Σώζονται και εκτίθενται δύο σπόνδυλοι του κίονα και το ιωνικό κιονόκρανο. Αντίγραφο του κίονα του τροπαίου έχει ανεγερθεί στην αρχική του θέση, δίπλα στην εκκλησία της Παναγίας της Μεσοσπορίτισσας.
Αρχαιολογικό Μουσείο Μαραθώνα